En su territorio se encuentran las ciénagas de Ayapel, Brisas, Los Bagres, Playa Tendida, Paticos, Los Toros, Caimanera y Parva; además de los corregimientos de El Cedro, Cecilia, Alfonso López y Palotal, entre otros.
Este territorio es bañado, principalmente, por el Río San Jorge y las quebradas Zambitos, La Ceiba, Macho, La Colorada y Quebradona.
Ayapel era un poblado indígena comandado por el Cacique Yapé, de quien deriva su nombre. Fue descubierto por Alonso de Heredia en 1534 y erigido en villa por Juan de Rodas Carvajal en 1584 con el nombre de San Jerónimo del Monte de Ayapel. Adquirió la categoría de municipio en el año de 1923.
